Когда таинственные летающие аппараты вдруг появились на небе, мирные дни нашей планеты были нарушены. Они были названы "Дзай" и они способны уничтожить любые воздушные силы, с которыми сталкивалось человечество. В ответ на угрозу каждая страна начала разрабатывать новое оружие, известное как "Дочери" - автоматически управляемые механизмы, пилотируемые "анима", обладающие внешностью обычных девушек.
С момента появления Дзай прошло уже несколько лет, и военные операции в Восточной Азии продолжаются. Однако, все меняется, когда флот, на котором находится главный герой нашей истории, Кэй Нарутани, оказывается под атакой Дзай неподалеку от китайского города Шанхай. Во время побега на спасательной шлюпке, он становится свидетелем стрельбы из красного истребителя по воздушному аппарату врага. Но что он увидел внутри разбитого истребителя, изменило все.
Вместо пилота там оказалась маленькая девочка по имени Грипен. Она была последней надеждой человечества в борьбе с Дзай. Несмотря на ее хрупкость, Грипен обладала удивительными способностями и силой, необходимой для победы. Кэй понимал, что они оба играют ключевую роль в сохранении мира и должны объединить свои силы, чтобы противостоять врагу. Начинается их совместное путешествие, наполненное опасностями, дружбой и надеждой на спасение человечества от угрозы, пришедшей с небес.
