Действия аниме разворачиваются в далеком будущем, спустя 12 000 лет после событий первой части «Аквариона». Вновь появившийся враг из параллельного измерения наносит разрушения и похищает людей, угрожая миру Акварии. Главный герой, Амата Сора, обычный парень с необычными способностями, которые принесли ему лишь проблемы. Он давно считал себя бесполезным неудачником, пока не вступил на путь судьбы. С детства он слышал легенды об Акварионе, и теперь его сердце начинает биться сильнее, когда судьба ставит его на путь пилота этого могущественного боевого робота. Через трудности и испытания Амата обретает надежду и силу, чтобы защитить мир и спасти свою жизнь, а возможно, и всего человечества от ужасающей угрозы из другого измерения.
